Yeni Malatyaspor, Türk futbol tarihinde önemli bir yer edinmiş, ancak son yıllardaki zorlu koşullar nedeniyle profesyonel liglerdeki yolculuğunu tamamladı. 2006'dan itibaren başlayan bu 19 yıllık dönemde, kulüp çeşitli liglerde mücadele ederek Malatya'nın futbol dünyasındaki temsilini sürdürdü. Başarılı yükselişleri ve Avrupa kupalarında ülkemizi temsil etme başarısı, kulübün taraftarlarının gönlünde tahtı kupası oldu.
Bu süreçte, Malatyaspor 2009-2010 sezonunda 2. Lig'e yükselerek profesyonel arenaya adım attı. Ardından 2014-2015 sezonunda 2. Lig Beyaz Grup şampiyonluğuyla 1. Lig'e yükseldi. 2016-2017 sezonunda Süper Lig'e yükselerek tarihi bir başarıya imza attı ve 2017-2018 sezonunda ilk kez Süper Lig'de mücadele etti. Bu dönemde gösterdiği performansla dikkat çekti ve ligde 10. sırada yer aldı. Ardından 2018-2019'da 5. sırada yer alarak en iyi performansını sergiledi.
Süper Lig'deki başarılı döneminde, Yeni Malatyaspor aynı zamanda Ziraat Türkiye Kupası'nda da mücadele etti ve 2017-2018 sezonunda Galatasaray'ın şampiyonluğunda pay sahibi oldu. Bu zaferle UEFA Avrupa Ligi'ne katılma hakkını kazanan Malatyaspor, Avrupa kupalarında ülkemizi temsil ederek önemli bir başarıya daha ulaştı. Ancak 2019-2020 ve 2020-2021 sezonlarında yaşadığı düşüşler ve ardından gelen ligden çekilme, kulübün Süper Lig'deki geleceğini belirsizleştirdi. Kovid-19 salgını nedeniyle yaşanan belirsizlikler de kulübün kaderini etkiledi.
Son olarak, 2021-2022 sezonunda ligde son sırada tamamlanarak Süper Lig'den düşerken, 2022-2023 sezonunda 1. Lig'de mücadele etti ve ligi 16 puanla son sırada bitirerek bir alt lige mahkum edildi. 6 Şubat 2023'te yaşanan Kahramanmaraş merkezli depremlerin ardından kulübün ligden çekilme kararı, kulübün geleceği için büyük bir yıkım oldu. Yeni Malatyaspor, 2024-2025 sezonunda 1. Lig'de mücadele etse de puansız bir sezon geçirmesiyle birlikte bir kez daha profesyonel sahneden ayrılmak zorunda kaldı. Bu ayrılık, kulübün futbol tarihine yeni bir sayfa açarken, taraftarlar için de büyük bir üzüntü kaynağı oldu.
